后金天聪九年，后金封鄂木布楚琥儿为札萨克，将他的众和驻牧之地编为了土默特右翼旗，而与东土默特联姻的塔布兀良哈人莽古尔岱，他的众在后金时迁居到了朝附近的阜新一带。并统领了土默特中的蒙古勒津蒙古人，到后金天聪三年，莽古尔岱的孙善率归附后金，后金便将善众编为土默特左翼旗，封他为札萨克。

后来俺答汗去世，辛黄台吉返回呼合浩特继承汗号和顺义王位，并继娶三娘。他在东土默特的领地则由其噶尔图统领，并继续同兀良哈人驻牧一场。

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等到了林丹汗时代，左翼察哈尔重新大起来，林丹汗图谋效仿当年达延汗，重新一统蒙古各，他一面不肯向后金臣服，一面又对东土默特发动兼并战争。

俺达汗时，右翼土默特俺答汗的势力迅速壮大，在东边，是朵颜兀良哈人的牧地。当时，左翼的察哈尔南下控制了兀良哈人的北诸时，俺答汗便争夺了兀良哈人南面诸的控制权。

现在的土默特分为东西两，各分划了六个

他们到了朝一带后，继续与兀良哈密切接，有了更密的联姻关系，兀良哈人也成为黄金家族的塔布，也就是驸。

可不是东土默特的两翼旗还是西土默特的两翼旗，经历了蒙古左右两翼的内战，以及女真人的打压后，他们不断人锐喊，牧场缩减，地盘也不断的被压缩，实力大降。

原先女真把察哈尔迁到大同北，分封四旗，现在大汉的察哈尔八郡所分封的领地，其实都是过去土默特的地盘。

在此后的近百年时间里，这里都极为繁华。

这场战争，最终东土默特战败，战败后，东土默特族在噶尔图之鄂木布楚琥儿的率领下，归附了后金。他们归附后金后，从原驻地满儿东迁，一直迁到了如今辽的朝一带游牧。

后金西征察哈尔后，认识到西土默特地区的战略位置重要，明白这里可以北控漠北漠西。统御蒙古，南还可以逐鹿中原攻明朝，同时土默特也是当时蒙古的大落，尤其拥有极的威望，仅次于宗主察哈尔，因此便一直留守大将驻守。

不过俺答汗之后，风转。到林丹汗时，被赶到辽东去的察哈尔又杀了回来。他们击败了东土默特后，一路向右翼蒙古地区发，先后击败喀喇沁土默特等。占据，控制了右翼蒙古广大地区。当时土默特博硕克图汗阿勒坦汗四世孙逃至鄂尔多斯，并于次年去世。其众不愿受林丹汗役，四逃亡。土默特于分崩离析状态。

俺答汗所在的呼和号特本，被称为西土默特，当年俺答汗大时，曾经仿元大都和北京城，在大青山以南和大小黑河之间。建造了一座草原之城，库库和屯，意为青之城。此后，他还续建了长达二十里的外城，并兴办草原手工制造业，使城市人逐年增多，这座草原城市备了更大的规模。

黄台吉改后金为清后，女真便把西土默特剩下的牧民丁，分作左右两翼，每翼一旗，并任命了两个新的旗主。只是这两个旗主却不是俺答汗的后裔，以此铲除黄金家族对土默特的统治权。

因此，东土默特就形成了黄金家族台吉和兀良哈塔布异姓同牧的局面。

俺答汗之后，其妻三娘主政蒙古右翼三十年，约束蒙古各，保持了与明朝的和平通贡互市关系。

迫开放宣府大同等地与蒙古行匹易。几次战和之后，明朝册封俺答汗为顺义王，开放十一边界贸易岸。

如今的土默特，分为东西两大，东土默特从辽西北再往北迁，在漠南省内。而西土默特，在山西省的北面的绥远省内。

当时为了理控制的这些兀良哈，俺答汗便派自己的长辛黄台吉携其孙，率份土默特众，从土默川地区向东迁徙，到达宣府边外独石蓟州的满儿一带，与东南兀良哈人共同驻牧。