后即邀集在上海的国民党领袖在上海同孚路廿一号黄兴寓邸会商宋案应付办法，安徽都督柏文蔚也托词到上海省亲，参加了这个会议。这时袁向五国银行团行大借款的消息也传到上海，国民党认为这是袁恃以发动内战的军费来源，更加愤慨。孙和传贤主张用兵。孙中山有“联日速战”的讨袁方略，主张国民党应该先发制人，通电各国阻止大借款，并由国民党控制下各省区组成讨袁军。黄兴对这个计划不赞成，他认为在国际方面中华民国还没有被任何一个国家承认，边疆形势日益险恶，如果国内再发生战事，中国岂不成为朝鲜第二；至于在国内的形势对比，国民党不敌北洋派，因为革命阵营中许多意志薄弱只想官的人，都已经投向北洋派了，国民党控制的地区仅只有江西、湖南、安徽、广东四省，而这四省的内也并不统一，国民党必需量力而行，知彼知己。

由于国民党多数领袖主张避免使用武力而采循法律途径，因此经由江苏都督程德全建议袁成立一个特别法，推黄郛为主裁，王惠、伍廷芳为承审官，以避免来自任何方面的压力，全权理宋案。袁表面上接受，却由司法总长许世英以“不合编制”为借而反对成立这个法。

黄兴主张不用兵可于他致袁的秘书长梁士诒一电中看。3月27日黄电梁：“宋案连日经英廨审讯，闻发现证据颇多，外间疑团实非无关。兴以钝初已死，不可复救，而民国要基未固，国又将承认，甚不愿此事传播扩大，使外横生障碍。日来正为钝初谋置后事宜，亟思一面维持，而措词匪易，其苦更甚于死者，公有何法以解之？乞密示。”梁对黄这通电报未予答复。

上海租界捕房在4月16日把刺宋案凶手应桂馨和武士英移给上海地方检察厅，4月24日武士英忽然在狱中暴毙，死得不明不白。

刺宋案的另一凶手应桂馨在狱中过着非常舒适的生活，他有阿芙蓉的嗜好，开始时还用手帕涂上吗啡浆过瘾，随后竟公然要求鸦片烟，而法院方面怕他又来一个“死无对证”，也只好特准他在狱中公开烟。

至于洪述祖呢？宋案破获后，他不敢在北京公开活动，乃从容不迫地“逃”到青岛。德国派在青岛的胶州总督因为他是闻名全国的杀人凶犯同谋者，所以把他扣押起来，袁世凯竟公然派内务次长言敦源到青岛涉，要求引渡。德国总督同意引渡后，洪就等于获释。5月3日洪公然在青岛发表通电，极力嘘他协助唐绍仪完成南京议和，建立共和的功劳，痛骂宋教仁：“借政党内容之名以遂其植党营私之计”。并且用一荒谬绝的理由为他自己狡辩说：“毁宋仅毁其名，何得认为谋杀之证据。”

赵秉钧在对记者谈话中谈到洪述祖，表示洪和他毫无关系，更不是他的私人，而是少川（唐绍仪的字）介绍到内务来的。袁看到宋案闹得很厉害，自己陷于极不利地步，乃想设法解释一下，恰遇北京各界举行“宋教仁先生追悼大会”，袁乃授意京兆尹王治馨参加大会时相机为他解释。不料这个京兆尹是个糊涂鬼，他自作聪明地在大会上编造一段故事，他说：“去年应桂馨到了北京，向赵总理自告奋勇，要动手杀害宋先生，关于这个问题，总理曾向总统请示过，总统认为政见虽有不同，暗杀决不是个手段，所以不予同意，由此可见宋案与总统和总理都无关，完全是应桂馨和洪述祖搞的。”他的这番解释，简直是盖弥彰，气得袁世凯跺脚，赵秉钧扔茶碗。

赵秉钧过分想远离刺宋案，这使到袁世凯很不兴，赵辞职后被袁改为给假养疴，其意思就是“你越想避，我就越不答应”。