1941年12月7日凌晨，在南云忠一指挥下，从六艘航空母舰上起飞的第一攻击波183架飞机，穿云破雾，扑向珍珠港。7时53分，发回“虎、虎、虎”的信号，表示奇袭成功。此后，第二攻击波的168架飞机再次发动攻击。仓促应战的军损失惨重，8艘战列舰中，4艘被击沉，一艘搁浅，其余都受重创；6艘巡洋舰和3艘驱逐舰被击伤，188架飞机被击毁，数千官兵伤亡。岛国只损失了29架飞机和55名飞行员以及2艘潜艇。

在珍珠港歼灭了大量军舰艇后，山本的联合舰队转而参加大岛国帝国陆军及帝国海军参谋本策划的战略计划。第一航空舰队在太平洋上大兜圈，攻击了国、英国、荷兰、澳大利亚等国的大量目标，包括威克岛、澳大利亚近海、印度洋的锡兰。第11航空战队则在珍珠港偷袭开始后一小时内便将国第5航空队摧毁在菲律宾的机场上，此后又击沉了英国皇家海军的威尔士亲王号战列舰以及反击号战列巡洋舰。

在山本属下的海军将领小泽治三郎、近藤信竹、桥伊望等人的指挥下，岛**通过以“爪哇海海战”为代表的一系列两栖登陆或面舰艇战，将滞留在荷属东印度的国、英国、荷兰及澳大利亚残余队一扫而空。岛**占领荷属东印度并将菲律宾的军队压缩到困守丹半岛和科雷希多岛一隅，至此确保了东南亚的重要资源产地。以超乎想象的效率和极小的损失达成了所有初步战略目标后，岛**停止行动以考虑一步的计划。既然英国和国都没有谈判的意图，岛**开始着重守卫已经到手的占领区，并着于一步攻以便胁迫一个或更多敌国单独停战。

在这个阶段各类战略计划纷纷涌现，包括向西攻印度，向南攻澳大利亚，或向东攻国。山本参加了因此引发的辩论，在各不同观之间摇摆不定，有时支持某一方仅仅是为了给自己的队争取利益。

在这些计划中包括了侵印度或澳大利亚甚至夏威夷的大胆想法，这些浮夸的臆想很快就因陆军陷中国战场、人手不足，也没有足够运力来调动队的事实而遭否决。山本五十六从开战以前开始就是一个决的早期决战主义者，军令的切断澳联系的作战思想在山本五十六看来是最危险的作战选择，因为见效太慢，而且还有促使国舰队力量加快增的危险。山本五十六的想法是既然无法直接攻夏威夷，也要设法使夏威夷的国舰队动与日本舰队决战。在这之前，要消除后顾之忧，先跑到锡兰去把英国东方舰队消灭了。较为保守的海军军令永野修并未支持山本的意见。

正在辩论不可开之际，东京和周边城市遭到杜立特空袭，使参谋军官们意识到了军航母对日本的严重威胁，迅速倒向山本一方。海军军令授权山本接在试图切断澳大利亚与国联系的战役（珊瑚海海战）后发动中途岛战役（又称作战），与此同时夺取阿留申群岛的作战也同步行。

山本赶工完成中途岛与阿留申群岛的作战计划时，派遣海军少将木武雄率领一支舰队支援对图拉吉岛、瓜达尔卡纳尔岛，以及布亚新几内亚正对澳大利亚的莫尔兹比港的攻击。这支队包括新组建的第五航空战队，拥有新建的大型航母翔鹤与瑞鹤。

莫尔兹比战役行得并不顺利。虽然图拉吉岛和瓜岛都被顺利占领，但支援对莫尔兹比的攻的舰队不得不在5月初回面对一支国航母特混编队，即珊瑚海海战。虽然岛国以一艘轻型航母为代价击沉了国列克星敦号，但军也重创了岛**航母翔鹤，迫使其回国修理。同样严重的是，岛国的指挥失误和军的对空炮火使翔鹤与瑞鹤号航母所属的俯冲轰炸机及鱼雷轰炸机损失惨重，这些损失使无伤的瑞鹤也只能一味等待后备的飞行队准备就绪而无法参加中途岛战役。